＞ポップアップ通知のやり方がわからない
それはアドオンでできたはず。
https://addons.mozilla.org/en-US/thunderbird/addon/11098
https://addons.mozilla.org/en-US/thunderbird/addon/7164
https://addons.mozilla.org/en-US/thunderbird/addon/11889

でもFxの起動が遅いからって乗り換えるほどTBのフィードリーダーが使い易いは思わないけど・・・。