IDE/SATAの「TIで保存しない物理的に別なドライブにverify有り」で運用し、
読み書き問題なしならUSBに追い出す、ってのが理想だと思う

ちなみに自分は C： D： をバックアップ対象、E： がTI とかアプリのオリジナルアーカイブとかのドライブ