>>97
このソフトが使ってるコーデックやフィルタの類いが古いかもしれん。
C:\Program Files\FreeTime\FormatFactory\FFModules内に色々入ってるので
バックアップとったうえで差し替えてみればどうだろう？
自分はVOB→mp4変換時にどのコーデック/フィルタ使うか分からないのでこれ以上は答えられません。