Safari 4.0.3 (531.9.1) だけをアンインストールした状態 (Apple Application Support 1.0.1 が入っている状態) で
Safari 4.0.4 (531.21.10) をインストールして、Apple Application Support が更新されるかチェックしてみたけど
確かに、Apple Application Support 1.1.0 も上書きインストールされるんだが、上書きだと更新されないファイルがある模様。

それと、↓にコピーされてる Apple Application Support 1.0.1 のインストーラーも、上書きだと削除されないんで...

"C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\Apple\Installer Cache\Apple Application Support 1.0.1"

...QuickTime や iTunes によってインストールされてる Apple Application Support (1.0 か 1.0.1) がある場合は
Safari 4.0.4 (531.21.10) のインストール前に、前もって Apple Application Support をアンインストールしておいた方が良いと思う。

PS.
Safari 4.0.4 (531.21.10) で、初回起動時の文字化け直ってるねw