いろんな絡みがあるので120文字以内で説明はムリだが、
Windowsのフォーマッターは昔からバカで、読むことしかしないので、C5とC6エラーが消えることはない。

「Linuxにローレベルフォーマットコマンド」が、どのディストリでどのコマンドをさしてるのか不明だが、
どんなlinuxにも搭載されて居るであろう、一番単純なddコマンドで全領域をゼロで埋めれば、
全領域が書き換わったことになる。

それはイコール、C5とC6エラーが変化するチャンスを獲得できることになる。
ddが完走したときには、C5C6が消えて、場合によっては0x05が増えて終わる。

0x05が増えた場合、これは基本的に増えるだけで減ることはないので、
「損傷経験済みHDD」として、誰でもわかるようになる。

0x05が増えないで終わった場合は、

「さっきまでは、あそこが読めなかったけど、いま書いて、それをすぐ読み直したら読めた、
とりあえず再度使えるようにするわ」

という状態。あやふやな書き込みが発生する領域が再び開放される一方、
データを失うリスクが今後も抱えることになる。

この場合は0x05が0のままなので、「損傷経験済みHDD」にはならない。
けど個人的には使いたくない。爆弾抱えてる状態だから。