とりあえず解決策
inisフォルダ内のpcsx2.iniを開いて
FilenamesセクションのGS=等それぞれに使用するプラグインのファイル名を書く
そのまま保存で取り合えずは起動する
多分iniが設定されていると新しいGUIでも不具合が起きないから修正がされてないんだと思う