1 pcsxのパッドプラグインの設定が狂ってる可能性があるから設定関連(iniやcfgファイル)を一旦初期化
2 複数のパッドをPCに挿しているのなら優先順位の問題で認識しない場合があるからPCSX2を起動する前に
  どちらか一方のパッドを抜いておく
3 コンバーターが壊れた

>実際PCSX2以外のアプリではちゃんと使えてます

これだと3はないかな
2は割とよくあるケース