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TIでは、HDD全体を復元した場合、
ディスクシグネチャが変更される仕様らしいから、
ソフトによっては、「ディスクシグネチャが違う→不正コピー」
とみなされて起動しなくなる場合があるかもしれないね。

俺はまだその問題に直面したことがないからわからないけど。
バックアップは丸ごと取って、復元はパーティションごとにすれば大丈夫だと思う。