エクスプローラがクラッシュするとWindowsによって再起動される。
そのときタスクパーも一度消えて再描画されるけど、
タスクトレイにあったアイコンは復帰するものとしないものがある。
それじゃないのかな。
p2proxy.exeをもう一度実行すれば、二重起動ではなく単に
メイン画面が表示されると思うので、それで最小化すれば
タスクトレイのアイコンも復帰するかも。しないかも。