PDFに限った話じゃないが、ファイル形式の標準化がされていたところで、
それが具体的にどのように表示・印刷されるかは各ソフトの実装に丸投げなことが多い。
だから各実装によって差や方言が生まれるんだが、印刷屋のような微細な差でも問題になるような業界だと致命的。
ましてや標準の時点で拡張性が確保されてて、拡張するのが当たり前になってる規格じゃ言わずもがな。
結果として必然的に、シェアの高いソフトや有力企業の実装が業界の基準になる。

もちろんユーザがちゃんと指定して機能を削って保存すれば、標準準拠に絞った
ファイルを作れるんだけど、今となってはお役所ですらそれが出来ているか怪しい。
ODFだって同じような問題を抱えてる。