>>700
さすがにUninstall時の動作を確認する訳には行かないけど、
MM.DBとかを削除してないからじゃないの？
XPだと、このフォルダの中身。
C:\Documents and Settings\ユーザー名\Local Settings\Application Data\MediaMonkey\

現状ではこうした基本データやregistryエントリを残す「仕様」らしい。
問題として随分前に挙がっているようだけど、ちっとも修正されてないみたい。
http://www.ventismedia.com/mantis/bug_view_page.php?bug_id=3178