>ちょっとでもファイルやフォルダを移動させると

いや、そもそもそれが間違いだから。フォルダがどこかなんて
どうでもいいんだよ。タグのどっかに「未整理」とでも入れときゃ
いい。で、それを一括表示するオートプレイリストかノード作って。
ちゃんとタグを入れたら、必要なら体系化で移動。
まずはその古い管理法への固執を見直す必要がありそうに思うが。