>>435 そのとおりだった。ありがとう。
>>436 エディタでUUIDの整合性をあわせようと試したが断念した。修正箇所多すぎる。

スナップショット使ってるとvdiが分割されてVBOXの中で複雑なことになってるっぽい
スナップショット分と最新の状態には復帰できなかったんでわかった。
VDIだけ戻すといつの時点かよくわからないだいぶ前の状態には戻せた。

バックアップとるときはいったんスナップショット消すと
おそらく最新の状態のVDIが作られて綺麗に戻せると思う。
VirtualBox.xml ごとバックアップとればこんなことしなくても全部戻せるかもしれんけど