>>28 さんと同じ現象かわかりませんが、Smart Defrag1.03をインストールしたらWindowsのデフラグを実行しても断片化が解消されなくなりました。

・環境:Windows XP SP3、Smart Defrag1.03
・XPからGUIのデフラグの「最適化」は実行できるものの、数％「最適化」されただけで終了してしまう。
　終了後、デフラグの「分析」を実行すると、依然断片化している。
・Smart Defrag1.03アンインストール後、Windowsのデフラグで「最適化」を行うと、正常に終了し断片化が解消される。

以上です。参考まで。通りすがりでした。