http://www.runexyfaq.com/acronis/2007/08/windows_1.html

> Windows 上でバックアップ アーカイブを保存する時にパソコン上で作業をしても大丈夫ですか

> 基本的に問題ありません。しかし、Windows 上でバックアップ処理を行っている時には、
> アプリケーションの追加･削除や Windows アップデートなどのシステムの変更は行わないでください。
> システム変更を行ったとき、作成されたバックアップがどの時点のスナップショットになるかわかりませんので、
> 御了承ください。

ってFAQにもあるね。