使ってるOS知らんし自分はXPしかわからんけど
XPならツール→フォルダ オプション→表示で
保護されたオペレーティング システム ファイルを表示しない　を解除すれば見えるようになる。
この辺、Vistaの場合は知らんが。

大体、システムドライブの100%デフラグなんて無理あるし
やれるけどそこまでする意味も意義もないんだから
余程いびつになってない限りキニスンナ。

完全にしたきゃ、もう一台PC用意してそれにPD入れて
完全デフラグしたいHDDをメインから外して、サブ2個目にそれくっ付けてデフラグしてはどうか。