自分なりに考えたのですが、以下の手順で大丈夫でしょうか？

新しい内蔵HDDをハードディスクケースに入れたものと、外付けＨＤＤをＰＣに接続。
その後、AcronisTrueImage製品CDを起動ディスクとしてＰＣを起動して、
外付けＨＤＤ→新しい内臓ＨＤＤにシステムバックアップのデータをコピー。
新しい内蔵ＨＤＤをＰＣに内蔵して、元通り。