変態構成好きの俺が想像するに、たぶんこんな感じだな。

・1台目のMBRはあるが、第1パテがActiveになっておらず、ブートコードが第2パテなどの変なところにある
　（再インスコ時にパテ切り直しなどをして、一時的に第1パテが消滅すると、こうなる）
・OSが入ってるのは1台目の第1パテ（だがブートコードは無い）、ブート能力のあるNTLDRは第2パテにある。

もしくは
・1台目にはActiveフラグがない。だからBIOSは2台目を読みに行く。
・起動時には2台目のMBRから起動し、2台目のNTLDRを読み、そのあと1台目のsystemrootからWindowsを起動させる。
・この構成でどちらか片方をはずすと、依存関係が崩れて、両方とも使い物にならない。>>724の状況。

再インスコ時に第2パテを残したまま第1パテを消したり、
余計なドライブを付けたまま再インスコをやると、こうなる。
俺も昔よくコレやったわ。

これの意味と解決方法がわからなければ、必要なデータを全部待避して、
余計なドライブを全部外し、パテも全部切り直してクリーンインスコするのが速いよ。