どうやって確認したんだ?
とりあえず今ソースを落として全く同じ条件でコンパイルして試してみたが
-V2でエンコードしたファイルをデコードして出来たwavを比較したら全く同じだったぞ。

少なくともchangelogを見る限りでは特別なオプションを付けてなければ影響は無さそうだが。