皆さん、レスありがとうございます！
>>444
radiolineで他のBGMと合わせようと思ってます。やってみたら効果音の部分が目立ってたんで…
ニコ動のMADで、他BGMとそのセリフをあわせているのをみかけたので（効果音はちゃんと消えてました）

>>445
はい、試しました。でも確かに効果音の方はほとんど聞こえなくなりましたが、セリフの方がかなり小さくなりました。
とりあえずそれで保存してもう一度開いて音量をあげたらとぎれとぎれでした。

やはりフリーソフトでは難しいんでしょうか…　audacityやradiolineでいろいろいじってみようと思います。
お騒がせしました。