PerfectDisk2008(Build61日本語)とNIS2009体験版で試しましたが
オフラインデフラグ設定し再起動するとシステムファイルチェック時に
リセットがかかり再起動してしまいます。

英語版のBuild61を入れても状況は全く同じでリセットがかかります。
以下のＵＲＬのBuild64へのアップデートを入れると解決しました。
http://update.raxco.com/Pub/Download/PD90/English/x86/PD2008ENp_x86.exe

ちなみにこの英語版アップデートをBuild61日本語に適用してもエラーにはなりません。
オフラインデフラグもうまくいくようになりました。
まあ日本語版を使っていくのだったら正式のパッチを待つのが良いと思いますが。