アプリにもよるけど、最近は Documents and Settings 以下に設定保存するアプリが大半だから、
C:だって定期的にバックアップしないとアプリの設定が全部飛んでしまうよね。

皆、自分の Documents and Settings を D: に移動とかしてるわけじゃないよね?