普通のVNCサーバで遭遇した不具合:
DirectXやオーバレイ表示などの低レベルAPIとの相性が悪い。
表示そのものを取得できないことがある。古いビデオカードでよくある。
キャプチャ専用APIを使ってるのでサーバ側には影響はないはず。その代わり重い。

Ultr@VNCなビデオドライバで遭遇した不具合:
低レベルの描画APIを監視、横取りしてる。たまに関係ないメモリを参照して
砂嵐状態の情報を取ってしまうことがあるが、それを自己判断はできない。同期とってない?
高速描画を実現してるドライバ内の小手先テクニックとも相性悪い。でも重くない。

原因不明:
いつのバージョンからは知らんが、最大化してるウィンドウのジオメトリ情報を
強制的に書き換えられることがある。これに関しては原因追求はしたことがない。