USBメモリから使う場合の高速化について、いまさらな話かもしれないが、知らん人もいるだろうから書いておこう

ディスクの書き込みキャッシュ有効(パフォーマンスのために最適化)にした上で、
NTFSでフォーマットし直して使ってみそ

参考情報はGoogle「usbメモリ fat32 ntfs 比較」あたりで