メモリの問題ならしょうがないけどな。
ただ、アルゴリズムに何らかの欠陥なり制限があったりするんじゃないだろうかと思う今日この頃。
TI って増分なり差分なりを取るのがすごく速いけど、その高速性はたとえばたまにエラーがあることを容認して実現してるとか。

あの差分ってセクタ単位で取ってるみたいで、ファイルのタイムスタンプとは関係なく差分を検出してるんだよね。
たとえばでっかいファイルの一部分だけが更新されても、その更新部分だけが差分としてバックアップされるみたいだし。
全セクタをコンペアをしてるわけでもなさそうなのに、どうやってやってるんだろうか？