メディアセンターでＤＴＳがパススルーできているなら、サウンドカードやドライバの設定で、
勝手にＤＴＳをＰＣＭに変換して出してるとも考えにくいし、
パススルーの場合Vistaのサウンドの扱い方法などは影響しないでしょう
ＷｉｎＤＶＤのバージョンによっては、ドルビーデジタルは５．１ｃｈアナログにデコードできるが、
ＤＴＳは２ｃｈアナログにしかデコードできないバージョンがあったような気がする
あなたがお使いのバージョンがＤＴＳデコードが完全対応されてない＆途中でデコードが介入している
というのが一番考えられる原因だと思うが