多分、なんとなくこれで行けそうな気がする。

"C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\VillageCenter\WZ5"
に設定ファイルが作られるのを回避する方法

wz:tx_base.cfgファイルの
xpConfig: 1
を
xpConfig: 0
に書き換えると、WZフォルダ内の設定ファイルを読み込みに行きます。
（詳細は[ヘルプ|ヘルプ]メニューのWZ Editor/WZのフォルダ構成/フォルダ構成の変更、を参照）