選択範囲品質 99.9 %と100.0%についてですが、

2回やって共に99.9 %のディスクのCRCを見ると不一致だったので、
やはり、99.9 %と100.0%ではwavデータに違いがあるものと思われます。

ビットパーフェクトなコピーをしたい場合は、
読み込み速度を低速にするなどして、選択範囲品質100.0%を
目指さないといけないものと思われます。