システムドライブだけをTIでバックアップするようにドライブとフォルダを分けるのが一番良いよ。

CドライブをWindowsのシステムドライブとした場合、
・コンテンツファイル（画像、作成した文書、動画、音楽など）
・レジストリをいじらないプログラム（フリーソウェアに多い）
などはC以外において置く（バックアップは単純にコピー）

そのほかにTI復元前後でも、システムに直接影響のない設定
（お気に入りのリンクや、ツールバー、デスクトップ、SendToなどのショートカット）は、
C以外の場所に単純にコピーしておくと復元後も設定を継承できる。