今回のuserContent.js ver1.2ではタブを再読込みすると>>504でも出てるけど
AutoPagerizeのaddFilterが効かなくなってませんか?
Alice氏のローダー、80氏のローダー、本家のローダー、それぞれで新規プロファイルにて確認してみましたが
いずれもタブの再読込み後、そのタブでAutoPagerizeが読み込むページにはフィルターがかかりませんでした。
userContent.jsの設定で対応できるようなら教えていただけませんか。

Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 6.0; ja-JP; rv:1.8.1.11) Gecko/20071128 SeaMonkey/1.1.7