ヒットフラグは、SP0だけ考えていればいいよ。
ヒットフラグを使ったゲームは、あからさまに、その場所にポツンとSP0があり、他のSPと重なる事なんてないし、
エミュ作成上はこの実装で問題ない。　事実がどうであれ。

>①についてはどうでしょうか？
それで合ってるはず。

こういうのはファミリーベーシックで調べると良いよ。
あと、8*16サイズスプライトは、かなりへんちくりんだったな。資料読んでも理解できずファミベで調べた。