>>954
1.11ではwindowオブジェクトをなるべく保持するようになっているので，
二回目以降の「typeof(window.AutoPagerize) == 'undefined')」は偽を返し，
結果，window.AutoPagerize.addFilterの再定義が行われなくなります．
しかし，肝心のフィルタ情報を格納しているオブジェクトは
AutoPagerizeの起動ごとに初期化され，addFilterによってフィルターが追加されるオブジェクトと，
AutoPagerizeが参照するオブジェクトが食い違い，フィルターが機能しなくなるようです．
確かな事は言えませんが，件のif文は常に真になる事を期待していると言うか，
常に真でなければ今回のようなオブジェクトの食い違いが発生すると思います．
>>954のようにif文を外しておくのが適当ではないかと思います．