やってることはmp3gainと同じでしょ。ただ、元に戻す手段（apeタグ）が提供されないだけ。
ソースに忠実という意味では劣化とも言えるが、非可逆圧縮時の劣化などとは別次元の話。
それでも心配ならmp3gain使えばいい。