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新バージョン試してみました。

効くページと効かないページがあるようです。

http://firefox.geckodev.org/index.php
は効かないようで、
http://auctions.yahoo.co.jp/jp/
は動作しています（暗くなって、単語が黄色くなります）。

検索周りだと「XUL/Migemo [Forked Edition]」を入れています。
試しに無効にしてみましたが、状況は変わりませんでした。