心理音響モデルの--nspsytuneはデフォルトで適用されているので、
入れても入れなくても出来上がるものは同じ。だから態々入れる必要も無いってこと。
CBRやABRの場合は、-q 2もやっぱりバグっているのでデフォルトのまま(=-q 3)にした方が良い。
VBRで--vbr-newを指定している場合は、
（3.98a3以降を使っているなら、-V nだけでも--vbr-newが適用されている）
-q 0〜-q 4は全く同じなので-q 2を入れても実害は無いが、態々入れる必要も無い。
VBRで--vbr-oldを指定している場合は、
（3.97以前を使っているなら、-V nだけでも--vbr-oldが適用されている）
CBR、ABRの場合と同じくバグっているのでデフォルトのまま(=-q 3)にした方が良い。

まぁ、結論としては単に-V 3だけ、若しくは単に--r3mixだけを入力すればいいのでは？