1.xから2.0の時は一部互換性のない変更があった。
1.0で作られてても廃止されたAPIを使ってないなら2.0で動くし4でも動く。

2.0以降のバージョンは高い互換性が維持されている。

4入れといて、もし動かないのが出たら3.5SP1入れるってやり方で問題ない。
4と3.5両方が入ってる状態で2.0〜3.5向けに作られたアプリを動かすと、自動的にバージョンを認識して3.5で動作する。
この際app.configで指定しておけば2.0〜3.5が入っていても4で動くようにできる。

開発者が前方互換テストを行った上で指定すべきなので、ユーザ側で指定するのは推奨されない。
アプリと同じフォルダに下記のXMLファイルを置いとくだけでいい（app.exeだったらapp.exe.config）
<configuration>
<startup useLegacyV2RuntimeActivationPolicy="true">
<supportedRuntime version="v4.0"/>
</startup>
</configuration>