レスありがとうございます。

>>773さんの書かれているところが問題のようですね。
試しに複合機で作成したPDFファイルをAcrobat Pro（の体験版）でTIFFに変換し、
それをOCRで自動処理し透明テキストPDF出力としたところ、
サイズの変動がほとんどなくなりました。
次からは複合機でのスキャン時にPDFではなくTIFFで保存することにします。

あとは見開きの傾き自動補正がどのソフトでもできないようなので、
これについてはTIFFファイルをどうにか処理してみようと思います。

マンガのスキャン技術スレはマニアックな深みにはまってるようですが、
検索用に本をPDF形式でため込むだけならかなりよい感じですね。