-Y について

16kHz 以上がほとんど聴こえない人であれば --lowpass 16000 を使った方が良いかも。

-Y は 16kHz も十分聴こえている人であっても十分におすすめできるオプションだと思います。
実際 -V の数字が 3 以上では -Y がデフォルトになっている。

たとえ 16kHz 以上が十分に聴こえる人であっても
通常の音楽では 16kHz 以下の大きな音にマスクされて
16kHz 以上の音(通常は小さい)は聴こえなくなります。
そういう場合には 16kHz 以上を削ってもトランスペアレントになる。

しかし 16kHz 以上を絶対に残して欲しい場合には 16kHz 以上を削らないで欲しい。

-Y オプションは http://www.kikeg.arrakis.es/lowpass/Chenoa_16KHz.ape のような
16kHz 以上を絶対に残して欲しい場合をうまく処理してくれます。

Chenoa_16KHz.ape を wav にデコードして

(1) http://www.kikeg.arrakis.es/lowpass/Chenoa_16KHz.ape (オリジナル音源)
(2) http://www.kikeg.arrakis.es/lowpass/Chenoa_16KHz_lowpass.ape (16kHz以上がカットされている)
(3) lame3.97b2.exe -V2 --vbr-new Chenoa_16KHz.wav Chenoa_16KHz-V2N.mp3
(4) lame3.97b2.exe -V2 --vbr-new -Y Chenoa_16KHz.wav Chenoa_16KHz-V2N-Y.mp3
(5) lame3.97b2.exe -V2 --vbr-new --lowpass 160000 Chenoa_16KHz.wav Chenoa_16KHz-V2N-lowpass16.mp3

を聴き比べてみれば (4) -Y と (5) --lowpass 16000 の違いがわかると思います。
高周波の「チーン、チーン」という音が (4) の方では十分に残されています。
もしも違いがわからなければ 16kHz 以上が本当にまったく聴こえていないということ。