3.96.1使ってます。
LIFEもしくは直にドラッグ＆ドロップでエンコードすると、mp3ソース(lame)なら正常に終了します。

ただ、動画からソースのままで取り出したwaveをエンコードすると、｢ザー｣という音だけのものになってしまいます。
また、そのwaveは午後のコーダだと｢午後のコーダエンコードコアエラー｣で読み込めません。(helpのエラー対策には載ってない)

それは自分でエンコードした動画から取り出したwave音声ですので、他人のファイルから取り出したwaveも試したのですが同様です。
これは何か当方のPC環境に不足しているものがあるということでしょうか。