むむ、その症状になるの自分だけじゃなかったんだ…うちでも似たような感じなので、私も報告を

かなり前のバージョンでですが、「中身が一致」の処理中に落ちることがありました
ディレクトリごとコピーして、正しくコピーできたか確認するため、まるごと「中身が一致」でコンペアに挑戦
途中までは実行したらしいのですが、突然何も言わずサクッと落ちます
今、WindowsXP sp2のディスクの中身をハードディスク2カ所にコピーし、PPW040P2で試しましたが再現しました
今回、PPX040だと落ちなかった…

あと、ファイルが大量にあるディレクトリやアーカイブを覗こうとすると、有無を言わず落ちたりします
インストール直後の初起動PPXから、保持ソート>デフォルト>無効でSystem32に移動しようとすると落ちてしまう
ファイルが千、数千あるケースだとよく起こります、ソートの設定しだいで落ちにくくなったりする…
今、WinXP sp2のSystem32相手に、PPX040とPPW040P2で再現しました
これなるの、私の環境だけなのかなあ

いずれも、偶然落ちると言うより、落ちるパターンだと必ず落ちるような、そんな感触でした