おそらくそのツールに限らずツールの実行中にCTRLを監視して
機能変えるようなツールは、ツールが起動する前にCTRLから手離さないと
みんな同じ気がする
ためしに一回入力窓出すようにするか何かウェイト置くようなことをしてみては？