俺も -k つけた方が良く聴こえる。明確に音がこもると認識できるわけではないが、
ランダム再生でプレイヤーを隠して聴いて情緒的に物足りないと感じた時に確認したら
たいてい-kのない方が再生されてた

あと、-ms は、もし付けなくても --preset extremeだと全体の大半がステレオで記録されてた。
（某サイトの「JSは常に無害」はウソということになる。もしホントなら常にJSが使われるはずだ）
残り数割のジョイントステレオ部分に、音像とステレオ感のトレードオフがあることになる。

エンコード時のログの例
# --preset extreme --athaa-sensitivity 8 -k -h
kbps LR MS % long switch short %
264.2 78.8 21.2 88.2 6.6 5.2

# --preset extreme --athaa-sensitivity 8 -ms -k -h
kbps LR % long switch short %
269.7 100.0 88.9 6.3 4.8

ただし具体的な比率はプリセットやデータによって変わると思う