シンプルステレオでは左右のチャンネルの L と R をそのまま扱う。
ミッドサイドステレオでは左右のチャンネルを M=L+R と S=L-R に変換して扱う。
M と S から L と R を L=(M+S)/2、R=(M-S)/2 で再構成できるので、
LR から MS への変換でステレオ情報は何も失われない（ロスレス）。
LAMEのジョイントステレオはシンプルステレオとミッドサイドステレオを
各フレームごとに使い分けるという仕様になっている。

もしも左右のチャンネルの差が小さければミッドサイドステレオの使用によって
圧縮率（ロスレス）を高くできるのでより多くの情報量を残すことができる。
より多くの情報を理想的に残すことができれば音質はステレオ分離性も含めて改善される。

LAMEはミッドサイドステレオにおいて心理音響モデルで情報を削るときに
MS を LR に戻した場合にシンプルステレオでの情報の削り方と同じになるように情報を削っている。
（これは Hydrogenaudio で聞きかじった知識。誤解があれば訂正をお願いしたい。）

このように LAME のジョイントステレオは圧縮率を高めるために
ステレオ情報を余計に捨てるようには設計されていない。

ここまでの前提知識があれば、
ジョイントステレオでステレオ分離性に悪化が生じるとはほとんど考えられず、
生じているとすれば単純な理由ではないことがわかる。

時間の無駄を防ぐためにまず最初にABXテストを行ない、サンプル音源を公開すべきである。
「自分は特別にステレオ分離性に敏感だ」のように思い込むのは止めた方が良い。
俺耳自慢による音質批評はまったくあてにならない。