設定ダイアログを表示して左下の "Switch to Advanced Mode" を押下、Advanced Mode へ。
ダイアログ左側のツリーで "Interface" → "Playlist"。

Opening file / directory from the userinterface 〜
Appending files into the 〜
Opening files externally 〜

の３つがアヤシイ。
訳すと上から順に

ユーザインターフェース(多分 Zoom Player のこと)からファイル／ディレクトリを開いた場合はプレイリストをクリアする(オフならリストに追加)
プレイリストにファイルを追加したら追加したトラックを再生する。
外部(コマンドライン／エクスプローラ)からファイルを開いたらプレイリストをクリアする(オフなら追加)

あとは実際に試してみれ。