俺は1個だけHDDを搭載していて、Cドライブ（システムドライブ）とDドライブ（データ保存用）にパーティション分けしてるんですが、こういう使い方だと綺麗にデフラグできないのでしょうか？

PDは、ドライブごとにしかデフラグできないようなので、Cドライブをデフラグしても、Dドライブにあるファイルは移動しないので、その部分をかわしながらデフラグしても断片化は解消されない気がしますけど・・・