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マニュアルP.69を見る限り、

[PerfectDisk でブート ファイルを取り扱う]
=layout.iniに登録されている内、"オペレーティング システムの起動に必要なファイル"のみ

[layout.ini に登録されているすべてのファイルを PerfectDisk で取り扱う（XP のみ）]
=layout.iniに登録されている全て(例えば、起動時に常駐するウイルス対策ソフトのDLLもブートファイルとして考える)

起動時の速さだけを追求した場合、前者を選択した方がいいかもしれないけど
起動時に毎回ロードされるファイルをハードディスク先頭に配置したいなら後者の方が良いと思っています。