server側にてフォルダ名ファイル名に [ ] デリミタ文字が使われていると、
>>896さんのようにFileZillaのデイレクトリ一覧が正常に表示されないバグを確認。
もし環境揃っている方いらしゃいましたら再現テストヨロです。

実行環境
Pen�V1GHz河童+メモリ1G
Fedora13 KDE
ProFTPD1.3.3 Stable(RPM)

WindowsXPPro sp3
FileZilla Client 3.3.3