Ver.3.0.11.1 より後のバージョンを使ってFTPSでLIST取得できないのはFilezillaの仕様。
作者がRFC 4346に厳密にしたがった実装をしたのが原因らしい。
直すにはServerソフトを入れ替えるしかなさげ。
作者も相当頑固で、ユーザーとフォーラムで喧嘩してる。
http://forum.filezilla-project.org/viewtopic.php?f=2&t=7688&st=0&sk=t&sd=a

今のところ

FTPSでつながらねえよ:
FileZilla Server <=0.9.26
vsftpd <=2.0.6
ProFTPD <=1.3.2rc1
Xlight FTP server <= 2.861

FTPSでつながるよ:
FileZilla Server >=0.9.27
vsftpd >=2.0.7
ProFTPD CVS HEAD
Xlight FTP Server >=3.0

らしい。
FTPSから離れるべきかなぁ。