>98系はBIOS経由で、

9x系もブート時を除けば、ドライバが存在しないもの以外では、アクセスにBIOSは使わない。

>NT系はBIOSを経由せず、自前のIOプログラムを使う。

NTでもブート時にはBIOSの助けが必要。でなければそもそもブートできない。

>BIOS経由では最適化されていないから負荷が高まりエラーが出る。

BIOSの問題はパフォーマンスではなく、リエントラントに書かれていないからだよ。
ブートやDOSから扱う分には、それで十分だったんだけどね。