表を分割してそれぞれを変換するとか、そういう工夫はないのかね？
そうなると、表2つに同じ番号か、表○-a、表○-bって分けてつけたいって言う
別の質問になればアドバイスのしようもあるが。

つか、表をEPSにするんじゃなくて、おとなしくTeXで書けば？
Excelで作った表をTeXに変換するアドオンなんてすぐに見つかるでしょうに。